Autores; Héctor Fabio Espitia Navarro; Álvaro Jairo Pazos Moncayo
La secuenciación de genomas bacterianos completos se ha consolidado como una herramienta fundamental en microbiología moderna y epidemiología molecular. Los datos de secuenciación de nueva generación requieren procesamiento bioinformático especializado para transformar millones de lecturas cortas en genomas ensamblados y funcionalmente anotados. En este contexto, las habilidades en bioinformática representan actualmente una necesidad imperativa en el mundo competitivo de las ciencias biológicas, que se apoyan cada vez más en análisis computacionales avanzados. Esta obra surge precisamente para responder a esta necesidad, proporcionando un flujo de trabajo completo, accesible y reproducible para generar genomas bacterianos de calidad apropiada desde datos de secuenciación Ilumina.
Utilizando cuatro genomas de Helicobacter pylori como caso de estudio, el libro guía al lector a través de ocho capítulos principales: (1) preparación del entorno computacional con Conda/Mamba, (2) obtención de datos desde repositorios públicos usando SRA Tools, (3) control de calidad ylimpieza con FastQC y fastp, (4) ensamblaje de novo con SPAdes, (5) evaluación integral mediante QUAST, BUSCO y análisis de k-meros, (6) anotación funcional con Prokka, (7) plataformas web alternativas, y (8) conclusiones. Apéndices especializados complementan el contenido principal con guías de resolución de problemas, comparación de ensambladores alternativos, y recursos avanzados.
El enfoque metodológico combina fundamentos teóricos con implementación práctica, utilizando comandos específicos, interpretación detallada de resultados y buenas prácticas en bioinformática. Todos los scripts y configuraciones están disponibles públicamente en GitHub, garantizando la reproducibilidad completa del flujo de trabajo.
Este libro está dirigido especialmente a estudiantes e investigadores en los campos de la biología y la microbiología que poseen conocimientos básicos de Linux y buscan desarrollar competencias prácticas en bioinformática genómica. La metodología presentada es directamente aplicable en contextos de investigación básica, vigilancia epidemiológica y análisis de genómica comparativa, brindando herramientas versátiles para diversos escenarios profesionales y académicos.
Tamaño: Formato: Digital Paginas: 152
Año: 2026 ISBN: 978-628-7864-38-2 Valor: Descarga Gratuita
